ความหมายของตราประจำโรงเรียน
ตราสัญลักษณ์เป็นพระปรมาภิไธยย่อ จ.ป.ร. ครอบจุลมงกุฎ ประดิษฐานบนพญานาคสองหัว มีชื่อ “บวรนิเวศ” อยู่กลางลำตัวพญานาค และชื่อโรงเรียน “รัตนโกสินทร์สมโภชบวรนิเวศศาลายา ในพระสังฆราชูปถัมภ์”

“จ.ป.ร.” หมายถึง พระปรมาภิไธยย่อของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ผู้พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้จัดตั้งโรงเรียนวัดบวรนิเวศ

“จุลมงกุฎ” หมายถึง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะที่ทรงผนวชและประทับที่วัดบวรนิเวศวิหาร ซึ่งยังทรงพระเยาว์และยังมิได้เป็นพระมหากษัตริย์

“พญานาค” หมายถึง พระองค์เจ้ามนุษยนาคมานพ ซึ่งเป็นพระนามเดิมของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ผู้ทรงวางรากฐานการศึกษาของโรงเรียนวัดบวรนิเวศเป็นพระองค์แรก และทรงเป็นเจ้าของที่ดินที่ตั้งโรงเรียนรัตนโกสินทร์สมโภชบวรนิเวศศาลายา ในพระสังฆราชูปถัมภ์แห่งนี้